Группа кинетического моделирования.
Москва. 2003 год

Институт Системной Биологии СПб был организован в октябре 2004 года. Основным структурным звеном института, а также катализатором его создания, на тот момент являлась группа кинетического моделирования сложных биохимических систем, образовавшаяся несколькими годами ранее. Поначалу сильную дискуссию среди сотрудников института вызвало обсуждение будущего названия. В итоге мы решили остановиться на названии Институт Системной Биологии по следующим причинам. Во-первых, поскольку объектами наших исследований являются чаще всего различного рода биохимические системы, иногда очень большой размерности. Во-вторых, методы, применяемые в наших исследованиях, очень близки к тем, с которых начиналось развитие системной биологии. В-третьих, в мировом научном сообществе системная биология все больше утверждается как самостоятельная биологическая дисциплина. Например, во многих странах (США, Япония, Великобритания) осуществляются государственные программы по организации научных институтов, специализирующихся на исследованиях в этой области, а при некоторых ведущих университетах создаются отдельные кафедры и факультеты. К сожалению, этого нельзя сказать о российском ученом сообществе. Так до сих пор группы, занимающиеся подобными исследованиями, можно сосчитать по пальцам, а большая часть биологов, если что-то о системной биологии и слышала, то считает ее (зачастую абсолютно необоснованно) чем-то околонаучным и недостойным серьезного внимания. Эти доводы, поддержанные большинством сотрудников института, перевесили чашу весов в пользу существующего названия.

За время своей деятельности Институт Системной Биологии значительно расширился. На данный момент персонал насчитывает более 30 высококвалифицированных специалистов в таких областях как кинетическое моделирование, биофизика, биохимия и биоинформатика. За время существования группы кинетического моделирования и Института Системной Биологии результаты нашей работы позволили выиграть несколько крупных тендеров и грантов. Например, гранты Европейского Союза на исследования в сфере системной биологии процессинга рРНК или метаболизма липидов  (совместно с несколькими европейскими университетами), или тендер о сотрудничестве с английской биоинформационной компанией BII (Biosystems Informatics Institute). Кроме того, часть полученных результатов была опубликована в различных научных журналах.

В институте ведется активная работа со студентами и аспирантами. На его базе были успешно подготовлены курсовые и дипломные работы студентов биологического и физического факультетов МГУ им. М.В.Ломоносова, Российского государственного медицинского университета им. Пирогова, Московского физико-технического института. Кроме того, на основе исследований, проведенных в нашем институте, с успехом защищены несколько кандидатских диссертаций.

На сегодняшний день в Институте Системной Биологии функционирует четыре структурных подразделения:

• Отдел кинетического моделирования биохимических систем. можно по праву считать наследником группы кинетического моделирования. Основные цели этого подразделения состоят в создании подходов к адекватному описанию функционирования клетки на основе многочисленных экспериментальных данных, накопленных к настоящему моменту. Сегодня это самый большой по количеству сотрудников отдел института, что позволяет ему активно сроить работу сразу по нескольким направлениям. Так, уже создано более 50 моделей различных биохимических путей (биосинтеза аминокислот, нуклеотидов, энергетического метаболизма клеток млекопитающих и бактерий и т.д.). Кроме того, разрабатываются модели сигнальных путей и регуляции экспрессии генов. Одним из приоритетных направлений деятельности отдела является применение моделирования для решения разнообразных прикладных задач - от биотехнологических (поиск путей управления метаболизмом в клетках бактерий, оптимизация штаммов-продуцентов, разработка методик повышения эффективности производства) до медицинских (определение механизмов действия лекарственных препаратов, выявление их побочных эффектов, разработка методик безопасного употребления лекарств, оптимизации скрининга новых соединений). Предсказания наших моделей находят экспериментальное подтверждение в исследованиях, проводимых в лабораториях России, Литвы, Великобритании и др., с которыми мы плодотворно сотрудничаем на протяжении вот уже нескольких лет.
• Отдел реконструкции путей. В задачи этого подразделения входят сбор, обработка и анализ научной информации. Высокий профессионализм сотрудников позволяет работать с очень большими объемами данных, заниматься реконструкцией глобальных путей, таких как дифференциация стволовых клеток или явление апоптоза. Накопленные в процессе работы результаты позволили приступить к реализации таких сложных и обширных проектов, как создание Электронной энциклопедии стволовых клеток и нескольких баз данных.
• Отдел разработки программного обеспечения. Функции данного подразделения заключаются в создании и технической поддержке программного обеспечения, баз данных, а также других биоинформационных проектов. Сотрудники этого отдела имеют большой опыт в области научного программирования на языках С, С++, Java, SQL. Ряд проектов, реализуемых в отделе, уже получили широкий резонанс среди системных биологов как в России, так и за рубежом.