Список публикаций

В данном разделе сайта мы приводим список публикаций сотрудников Института системной биологии СПб. Этот далеко не полный список. С полным вариантом, включающим в себя не только научные статьи, но и тезисы конференций и другие публикации, вы можете ознакомиться ЗДЕСЬ.
2010 год
  1. Nail M Gizzatkulov, Igor I Goryanin, Eugeny A Metelkin, Ekaterina A Mogilevskaya, Kirill V Peskov and Oleg V Demin. DBSolve Optimum: a software package for kinetic modeling which allows dynamic visualization of simulation results. BMC Systems Biology (2010), 4:109.
  2. Песков К., Демин О. Кинетическая модель фосфофруктокиназы-2 из клеток Escherichia coli. Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии. (2010) №5, 11-22.
 
2009 год
  1. Smirnov S., Belashov A., Demin O. Optimization of antimicrobial drug gramicidin S dosing regime using biosimulations. Europ J Pharmac Sciences (2009), 36(1), 105–109.
  2. Goltsov A., Maryashkin A., Swat M., Kosinsky Y., Humphery-Smith I., Demin O., Goryanin I., Lebedeva G. Kinetic modelling of NSAID action on COX-1: focus on in vitro/in vivo aspects and drug combinations. Europ J Pharmac Sciences (2009), 36(1), 122–136.
  3. Метелкин Е., Лебедева Г., Горянин И., Демин О. Кинетическая модель бета-галактозидазы Escherichia coli. Биофизика, (2009), Т. 54, В. 2, С. 226-234.
  4. Mogilevskaya E., Peskov K., Metelkin E., Plyusnina T., Lebedeva G., Goryanin I., Demin O. Kinetic modeling of E. coli enzymes: integration of in vitro data. IN: Systems Biology and Biotechnology of Esherichia coli. pp. 177 - 207, (2009), (Editor: Sang Yup Lee), Springer Netherlands.
  5. Mogilevskaya E., Bagrova N., Plyusnina T., Gizzatkulov N., Metelkin E., Goryacheva E., Smirnov S., Kosinsky Y., Dorodnov A., Peskov K., Karelina T., Lebedeva G., Goryanin I. and Demin O. Kinetic modeling as a tool to integrate multilevel dynamic experimental data. Methods Mol Biol. (2009), 563, 197-218
  6. Eugeniy Metelkin, Oleg Demin, Zsuzsanna Kovacs and Christos Chinopoulos. Modeling of ATP–ADP steady-state exchange rate mediated by the adenine nucleotide translocase in isolated mitochondria. FEBS J. (2009) 276, 6942–6955.
  7. D. Lesovoy, E. Bocharov, E. Lyukmanova, Yu. Kosinsky, M. Shulepko, D. Dolgikh, M. Kirpichnikov, R. Efremov, Arseniev A. Specific Membrane Binding of Neurotoxin II Can Facilitate its Delivery to Acetylcholine Receptor. Biophys. J. (2009) 97: 2089-2097.
  8. Свирищевская Е.В., Лысенко А.А., Матушевская Е.В., Косинский Ю.А., Дементьева Д.В., Прохоров А.В. Аутоиммунная пузырчатка: идентификация  патогенных эпитопов десмоглеина 3. Современные проблемы дерматовенерологии, иммунологии и врачебной косметологии. (2009) 3, 5-12.
 
2008 год
  1. N.I. Fedotcheva, E.G. Litvinova, Z.G. Amerkhanov, S.V. Kamzolova, I.G. Morgunov and M.N. Kondrashova. Increase in the contribution of transamination to the respiration of mitochondria during arousal. CryoLetters, (2008), 29(1), 35-42.
  2. Peskov K., Goryanin I., Demin O. Kinetic Model of Phosphofructokinase-1 from Escherichia coli. J Bioinform Comput Biol (2008) 6(4): 843-67.
  3. Peskov K., Goryanin I., Prank K., Tobin F., Demin O. Kinetic Modeling of ace operon genetic regulation in Escherichia coli. J Bioinform Comput Biol (2008), 6(5): 933-959.
  4. Demin O., Goryanin I. Kinetic Modelling in Systems Biology. Taylor & Francis (United States), (2008), pp.360
  5. Е.А.Могилевская, О.В.Демин. Исследование влияния салицилата на цикл Кребса митохондрии с помощью кинетической модели.  Труды VII международной конференции «Идентификация систем и задачи управления». Институт проблем управления им. В.А.Трапезникова РАН. (2008) с. 1235-1245.
 
2007 год
  1. Могилевская (Зобова) Е.А., Лебедева Г.В., Горянин И.И., Демин О.В. Кинетическая модель функционирования и регуляции изоцитратдегидрогеназы Escherichia coli // Биофизика, (2007), Т. 52, В. 1, С. 47-56.
  2. Hongwu Ma, Anatoly Sorokin, Alexander Mazein, Alex Selkov, Evgeni Selkov, Oleg Demin, Igor Goryanin. The Edinburgh human metabolic network reconstruction and its functional analysis. Molecular Systems Biology. 3 Article number: 135 (Published online: 18 September 2007).
  3. Pyrkov, T.V., Kosinsky, Yu.A, Arseniev, A.S., Priestle, J.P., Jacoby, E., Efremov, R.G. Docking of ATP to Ca-ATPase: Considering Protein Domain Motions. J. Chem. Inf. Model (2007), 47, 1171–1181.
  4. Pyrkov T.V., Kosinsky Yu.A., Arseniev A.S., Priestle J.P., Jacoby E., Efremov R.G. Complementarity of hydrophobic properties in ATP-protein binding: a new criterion to rank docking solutions. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (2007) 66(2), 388–398.
 
2006 год
  1. Metelkin E., Goryanin I., Demin O. Mathematical modeling of mitochondrial adenine nucleotide translocase. Biophys. J (2006) v.90 p.423-432
  2. Goryanin II, Lebedeva GV, Mogilevskaya EA, Metelkin EA, Demin OV. Cellular kinetic modeling of the microbial metabolism. Methods Biochem Anal (2006) v.49 p.437-488
  3. Normal 0., A. Sorokin, K. Paliy, A. Selkov, O. V. Demin, S. Dronov, P. Ghazal, I. Goryanin. The Pathway Editor: A tool for managing complex biological networks. IBM J. Res. & Dev. (2006) 50, 561-573
  4. Michael Noble, Yugesh Sinha, Aleksey Kolupaev, Oleg Demin, David Earnshaw, Frank Tobin, Joshua West, John D. Martin, Chunyan Qiu, Wu-Schyong Liu, Walter E. DeWolf Jr., David Tew, Igor I. Goryanin. The kinetic model of the shikimate pathway as a tool to optimize enzyme assays for high-throughput screening. Biotechnology and Bioengineering. (2006) 95 (4), 560-571.
  5. Могилевская Е.А., Лебедева Г.В., Демин О.В. Кинетическая модель функционирования 2-кетоглутаратдегидрогеназы Escherichia coli. // Российский Биомедицинский журнал www.medline.ru (2006), т. 7, ст. 44, с. 442-449.
  6. Mogilevskaya E., Demin O., Goryanin I. Kinetic Model of Mitochondrial Krebs Cycle: Unraveling the Mechanism of Salicylate Hepatotoxic Effects. Journal of Biological Physics (2006), 32(3-4), pp.245-271.
  7. N.I. Fedotcheva, A.P. Sokolov, M.N. Kondrashova. Nonenzymatic formation of succinate in mitochondria under oxidative stress. Free Radic. Biol. Med. (2006) 41(1), 56-64.
  8. Моргунов И.Г., Камзолова С.В., Финогенова Т.В., Соколов А.П., Кузнецов С.П., Федотчева Н.И., Захарченко М.В., Кондрашова М.Н. Индукция ферментов гликсилатного цикла в органах крысы при иммобилизационном стрессе. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю.А. Овчинникова, (2006), т.2(3), 47-50.
  9. Косинский Ю.А., Пырков Т.В., Луценко С.В., Ефремов Р.Г. Предсказание структуры комплексов белок-лиганд: от компьютерной модели к биологической функции. Российский химический журнал (2006), т. L, 36-44.
 
Еще статьи...

Загрузить

Статистика

1.
DBSolve руководство пользователя (Программное обеспечение/DbSolve Optimum)
161
2.
Математическое моделирование в системной фармакологии (Информационные материалы/Учебные курсы)
90
3. 82
4.
ИСБСПб. Результаты и научный опыт (Информационные материалы/Презентации)
81
5. 38