Описание программ

Кинетическое моделирование является разделом системной биологии, целью которого является описание динамических процессов, протекающих в клетках. Основой кинетической модели служит система обыкновенных дифференциальных уравнений, которая, как правило, является жесткой и нелинейной, поэтому для анализа системы используются численные методы. Система уравнений кинетической модели имеет множество параметров, количественные значения которых определяются из экспериментов, для их оценки используют различные численные оптимизационные методы. Построенная таким образом модель позволяет провести всесторонний анализ явлений, происходящих в клетке, и ответить на многие вопросы исследователя.

Растущий интерес к кинетическому моделированию обусловлен в том числе и развитием прикладных программ, позволяющих исследователю сконцентрироваться на непосредственном создании биологической модели. На сайте www.sbml.org представлены пакеты программ для создания и анализа кинетических моделей. Все программы, представленные на сайте, поддерживают единый формат данных SBML, позволяющий проводить обмен моделями между пакетами.

В Институте Системной Биологии существует отдел разработки программного обеспечения, основные обязанности которого заключаются в развитии и поддержке компьютерных программ для моделирования сложных биологических систем. Создание и совершенствование существующих специализированных программных средств позволяет повышать эффективность работы сотрудников нашего института.

Вы можете свободно скачать последние версии програм на нашем сайте.



DBSolve Optimum - Программный пакет для разработки и анализа моделей биохимических путей

dbsolve_graf_250.jpgDBSolve Optimum представляет собой программное средство для создания, анализа моделей и оценки параметров по экспериментальным данным. Эта программа является наследницей программы DBSolve5, разработанной И. Горяниным, и DBSolve7, созданного в ИСБСПб. Значительные измения были внесены в программу из-за новых требований и стандартнов в моделировании.

Подробнее...
 
PACS - Программное обеспечение для оптимизации промышленных ферментативных процессов

projb_2.jpg PACS разработан для оптимизации промышленного биосинтеза 6-аминопеницилановой кислоты.  PACS можно по праву считать еще одним существенным доказательством того, что модельный подход, а именно кинетическое моделирование биохимических систем, может быть очень полезным инструментом для оптимизации биотехнологичсеких процессов. Использование PACS привело к экономии фермента на 10% и существенному уменьшению издержек. Результаты данного проекта не только полностью окупили затраты на исследования, но и привели к значительной прибыли.

Подробнее...
 
Пакет специализированных программ для разработки противовосполительных лекарственных препаратов

AdvSoft_1Цель проекта: разработаь пакет компьютерных программ для разработки противовосполительных лекарственных средств.

На данный момент мы создали три подобные компьтерные программы:

  • COXulator (основная цель - in silico сравнение различных потенциальных ингибиторов фермента COX);
  • CLOTalazer (основная цель - in silico тестирование фармакодинамического дейтсвия потенциальных противовосполительных средств на клеточную систему тромбоцит/эндотелий/плазма крови);
  • CIRCULATOR (основная цель - in silico воспроизведение системы циркуляции крови и восполительных процессов в ней).
Подробнее...
 


Загрузить

Статистика

1.
DBSolve руководство пользователя (Программное обеспечение/DbSolve Optimum)
161
2.
Математическое моделирование в системной фармакологии (Информационные материалы/Учебные курсы)
90
3. 82
4.
ИСБСПб. Результаты и научный опыт (Информационные материалы/Презентации)
81
5. 38